De sa première épouse Pauline de Meulan , Guizot eut un premier fils, prénommé François, né le 14 août 1813 et mort quelques jours plus tard. Le 11 août 1815, naquit un second fils, François lui aussi, qui donna de grandes espérances et auquel son père, surtout après son veuvage en 1827, s’attacha intensément. Reçu au concours de l’École polytechnique, étudiant en droit, il mourut d’une pleurésie le 15 février 1837.
Le 6 août 1829, Eliza Dillon, seconde madame Guizot, donna naissance à Henriette, qui très jeune assista son père dans sa vie sociale et ses travaux littéraires, épousa le 18 mars 1850 Conrad de Witt dont elle eut deux filles, devint maîtresse de maison du Val-Richer et publia de nombreux livres et traductions. Elle vécut jusqu’en 1908. Les lettres que lui adressa son père ont été publiées en 2002. Sa sœur cadette Pauline, née le 22 juin 1831, épousa le 18 mai 1850 Cornélis de Witt, frère cadet de Conrad. Elle mourut le 28 février 1874, après avoir mis sept enfants au monde. Enfin, Eliza Dillon accoucha le 11 janvier 1833 de Guillaume, garçon fragile et très doué, qui épousa le 26 avril Gabrielle Verdier de Flaux. Il fut, de 1870 à 1880, chef de la direction des Cultes non-catholiques au ministère de l’Instruction publique et, à partir de 1874, professeur au Collège de France. Il décéda sans enfant en 1892.